홍익재단 고대사발굴사업단에서는 동아시아 고대의 바른 이해와 정립을 위한 핵심 주제에 대해 고한자학, 역사, 문화, 유적과 유물, DNA 게놈분석과 해석, 언어학 분야의 한국, 중국, 일본, 독일, 영국 등의 연구자들과 함께 연구기획, 공동연구, 발표, 내용 정리, 콘텐츠화를 통해 그 원형과 실체를 찾아 나가고 있다.
고대사 발굴 사업의 대상 영역은 동중국, 북중국, 동북 3성(三省)을 포함하여 일본열도, 몽골, 동러시아의 시베리아와 연해주 지역, 그리고 더 나아가 유라시아 지역(카자흐, 튀르키예, 헝가리 등)이다. 주요 내용은 한민족의 시원, 한민족의 형성과 확장, 이동 경로와 한민족과 주변 지역 집단과의 교류의 내용과 역사, 문화, 지리적 영역, 인종적 구성에 대해 중점을 둔다.
이러한 문제의 분석과 통합적 해석을 위해 인류학, 유전학의 고생명체 DNA 분석과 해석, 유적과 유물 분석, 언어학, 민속학, 고한자 자료의 문자학적 해석, 원문 문헌의 훈고 등에 의한 방법으로 새로운 자료의 수집, 발굴, 검증과 체계적인 정리, 콘텐츠화 한다. 이를 통해 동아시아 고대의 바른 역사문화 정립과 그 주체 세력의 실체에 대한 새로운 지식 생성과 집단지성의 구현을 이룬다.